按照民政部門的分類，分支機構財務管理方式分為有財務收支并獨立核算、有財務收支但非獨立核算、無財務收支三類。獨立核算是指分支機構設有獨立的銀行賬戶，單獨設立賬簿，可獨立編制會計報表。非獨立核算是指分支機構沒有獨立的銀行賬戶，沒有獨立設賬，財務收支均計入掛靠單位。有些分支機構在掛靠單位內部可以計算出收支余等，屬于內部獨立核算，只要沒有獨立的銀行賬戶、沒有獨立設置賬簿，仍屬于非獨立核算。雖然有獨立銀行賬戶，但沒有獨立設置賬簿的，也屬非獨立核算。
（一）加強對獨立核算的分支機構的管理
1.獨立核算分支機構應加強財務管理，規范會計核算
獨立核算分支機構應服從總會的管理，嚴格執行《民間非營利組織會計制度》和總會對分支機構資產財務管理的有關規定。
2.獨立核算分支機構應辦理稅務登記，依法取得發票，依法納稅
獨立核算分支機構應取得《組織機構代碼證》，按照稅收屬地管理的原則，在當地稅務機關辦理稅務登記，購領發票，并依法申報納稅。分支機構所在地與總會屬同一稅務所管轄的，分支機構也可不辦理稅務登記，由總會按月合并報表，匯總納稅。
3.獨立核算分支機構銀行賬戶應報財政監察專員辦事處審批
按照《中央預算單位銀行賬戶管理暫行辦法》及其補充規定，社會團體及其分支機構開立銀行賬戶，應報總會所在地財政監察專員辦事處審批。
4.總會應對分支機構財務應實施統一管理
對尚未在當地辦理稅務登記的獨立核算分支機構，總會應對其財務實施統一核算，將其作為總會的一個部門，逐項逐筆審核其財務收支并將其納入總會賬簿，統一申報納稅，統一對外提供報表。已經在當地辦理了稅務登記的獨立核算分支機構應定期（按月、季、半年或年）向總會報送會計報表，總會至少應按年編制總會本部和所有分支機構合并的會計報表。對分支機構資產財務管理中的問題，總會應加強指導、協調和監管。
5.總會應加強會費管理(會費收據使用規定專門制定)
總會應加強會費收據的領用、繳銷登記管理，分支機構領用并開具會費收據取得的會費收入，可直接計入分支機構賬簿也可計入總會賬簿，但計入分支機構賬簿的，總會必須定期合并報表。
6.總會對分支機構撥款的處理
總會對分支機構的撥款，如總會作為支出分支機構作為收入處理，分支機構應開具發票，依法納稅；如作為總會對分支機構的借款，雙方可作為往來款掛賬，但分支機構支出該筆款項的發票應直接交與總會報賬。
（二）加強對非獨立核算的分支機構的管理
1.非獨立核算分支機構應逐步獨立核算
非獨立核算分支機構收支及資產，依法應屬于總會不屬于掛靠單位。非獨立核算分支機構應逐步單獨開立銀行賬戶，實現獨立核算。
2.非獨立核算分支機構應編制會計報表
掛靠其他單位管理的非獨立核算分支機構，不論掛靠單位執行何種會計制度，均應按照《民間非營利組織會計制度》規定的格式編制會計報表，但可以簡化。
3.總會應合并非獨立核算分支機構會計報表
總會應定期編制合并會計報表，合并范圍除總會本部外，還應包括獨立核算和非獨立核算分支機構會計報表。
（三）加強對無財務收支的分支機構的管理
對暫時沒有財務收支的分支機構，總會也應加強管理，防止資產流失和財務收支體外循環。
（四）對新設立的分支機構應首先明確財務管理關系
對今后新申請設立的分支機構，總會應首先明確其財務管理關系，將其納入總會監管體系。
（五）堅決制止分支機構違規違紀問題
各單位要認真領會加強分支機構資產財務管理的重要性和緊迫性，總會資產財務部門要切實負起責任，堅決制止分支機構將收入計入私人公司等嚴重違規違紀問題；積極督促分支機構規范發票管理，盡快辦理稅務登記，補繳稅款；對分支機構未執行《民間非營利組織會計制度》等管理不規范問題，要自2011 年起予以規范。

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